Mgr François Fonlupt est né le 20 décembre 1954 à Allègre, dans le département de la Haute-Loire.

Après des études au Grand Séminaire de Clermont-Ferrand de 1972 à 1978, il poursuit sa formation théologique à l’Institut Catholique de Paris entre 1986 et 1990, où il obtient une maîtrise en théologie.

Ordonné prêtre le 25 mars 1979 pour le diocèse de Clermont, il commence son ministère comme vicaire à Issoire et aumônier de lycée (1979-1986). Parallèlement, il s’investit dans la formation et l’accompagnement pastoral des jeunes.

De 1986 à 1990, il est aumônier national de la Jeunesse Indépendante Chrétienne Féminine (JICF) tout en poursuivant ses études de théologie à Paris. 

De 1990 à 1997, il exerce comme prêtre coopérateur à Chamalières, avant d’être nommé aumônier diocésain de l’Action catholique des milieux indépendants (ACI) et des mouvements en milieux indépendants (1992-2000).

Durant cette période, il devient également secrétaire du Conseil presbytéral (1987-1996).

Responsable de l’ensemble pastoral de Clermont-Nord de 1997 à 2002, il est ensuite responsable diocésain pour le catéchuménat (2002-2011), tout en cumulant d’autres missions : curé de la paroisse Sainte-Anne de Montjuzet et doyen de Clermont Centre-Ouest (2003-2005), puis vicaire épiscopal de l’archidiocèse de Clermont (2005-2011).

Nommé évêque de Rodez en 2011, il exerce ce ministère pendant dix ans, jusqu’à sa nomination comme archevêque d’Avignon en 2021.

Au sein de la Conférence des évêques de France, Mgr Fonlupt a été membre du Conseil permanent de 2013 à 2019. De 2019 à 2024, il a été président du Conseil pour les mouvements et associations de fidèles et depuis 2024 il est évêque référent pour la diaconie et la solidarité au sein du pôle Dialogue, bien commun et amitié sociale. 

Depuis mars 2025, Mgr Fonlupt est délégué pontifical pour la branche féminine de l’Institut Notre-Dame de Vie.